在分子生物學研究中,瓊脂糖凝膠電泳是分離、鑒定和純化DNA與RNA分子的核心技術(shù)。而核酸染料作為這一過程中的“顯影劑”,其性能直接關(guān)系到實驗的靈敏度、準確性和操作者的安全。長期以來,溴化乙錠因其高靈敏度而被廣泛使用,但其強致癌性卻如同懸在實驗人員頭頂?shù)倪_摩克利斯之劍。GelRed核酸染料的問世,以其安全性、優(yōu)異的染色效果和簡便的操作流程,迅速成為實驗室中EB的理想替代品,核酸電泳向更安全、更高效的方向發(fā)展。 GelRed是一種新型的花青素類核酸染料,它由一個高親和力的雙嵌插入劑核心和一個龐大的親水基團通過一個可斷裂的連接臂構(gòu)成。這種獨特的“大分子”結(jié)構(gòu)賦予了GelRed兩大核心優(yōu)勢。首先,由于分子體積龐大,它無法穿透完整的細胞膜,從而大大降低了其細胞毒性,使其在常規(guī)實驗條件下表現(xiàn)出遠低于EB的安全性。其次,其核心結(jié)構(gòu)能夠高親和力地嵌入核酸雙螺旋的堿基對之間,一旦結(jié)合,便極為穩(wěn)定,從而產(chǎn)生強烈的熒光信號,保證了檢測的高靈敏度。
在安全性方面,多項獨立研究證實,GelRed在細菌突變試驗(Ames試驗)中呈陰性,不具致突變性,對操作人員的健康威脅微乎其微。在性能方面,GelRed的靈敏度與EB相當甚至更高,能夠清晰地檢測到低至1ng的DNA條帶。其熒光信號穩(wěn)定,背景極低,使得凝膠圖像清晰銳利,便于精確分析。在操作便利性上,GelRed提供了兩種使用方式:既可以像EB一樣直接加入熔化的瓊脂糖凝膠中(預染法),也可以在電泳結(jié)束后進行快速染色(后染法)。預染法流程簡單,無需額外步驟;后染法則更為靈活,且能進一步降低對環(huán)境的潛在影響。
GelRed的廣泛應用,幾乎涵蓋了所有需要核酸電泳的領(lǐng)域。在基因克隆中,它用于鑒定PCR產(chǎn)物、篩選重組質(zhì)粒;在基因分型中,它用于檢測SNP和STR等遺傳標記;在分子診斷中,它用于檢測病原體核酸;在基因組學和蛋白質(zhì)組學研究中,它也是RNA分析和DNA-蛋白質(zhì)互作實驗(如EMSA)的常用工具。其出色的兼容性使其適用于各種類型的瓊脂糖凝膠和電泳緩沖液,且不會影響下游的酶切、連接、回收等分子克隆操作。